Dizüstü sistemlerinde SSD kullanmak isteyen kullanıcılar, SSD sürücü ile verilen ya da farklı sürücü klonlama yazılımlarını sürücülerinin tamamını klonlamak için kullandıklarında eski HDD sürücüleri üzerinde bulunan kurtarma bölümü (recovery partition) yüzünden sorunlar yaşayabilirler. Bu tür bir durumda sürücü üzerinde oldukça büyük boyutta bir alanın kurtarma bölümü tarafından kullanılmakta olduğu görülür. Aşağıdaki örnek görselde 19,53GB büyüklüğünde bir kurtarma bölümü bulunan bir sürücü için Disk Yönetimi (Disk Management) ekranı görülmektedir. Kurtarma bölümü Windows Explorer içerisinde ya da Bilgisayarım altında görüntülenmez. Bu nedenle kurtarma bölümünün olup olmadığını kontrol etmek için Disk Yönetimi (Disk Management) ekranının kullanılması gerekmektedir.
Klonlama yazılımları, sürücü üzerinde bulunan kurtarma bölümünün farklı yapısı nedeniyle doğru olarak işlem yapamayabilirler. Çoğu durumda Disk Yönetimi ekranında bu bölümün silinip C sürücüsüne bağlama işlemleri de gerçekleştirilemez. Kurtarma bölümü farklı güvenlik izinleri yapısı ya da bu bölümü kullanan bazı sistem servisleri nedeniyle işlem yapılmasına izin vermeyebilir.
Bu durumda kullanıcılar farklı yardımcı programlar kullanarak sürücü bölümlendirmesini ihtiyaçlarına göre düzenleyebilirler. Bu uygulamalara örnek olarak Paragon® Partition Manager, EaseUS™ Partition Master,AOMEI® Partition Assistant gibi uygulamalar sayılabilir. Kullanıcıların unutmaması gereken bu tür uygulamaların kullanımında; işletim sistemi bulunan sürücü üzerinde işlem yapılamayacağından sistem sürücüsünün başka bir sisteme takılarak gerekli işlemlerin yapılmasıdır.
Eğer Disk Yönetimi (Disk Management) ekranında kurtarma bölümü silinebilir durumda ise; kullanıcılar ayrı bir yazılıma ihtiyaç duymadan bu alan üzerine sağ fare tuşu ile tıklayıp bölümü silebilir ve diğer sürücü bölümleri ile birleştirebilirler. Bu işlemi yeni SSD sürücülerinde yapabilmeleri için sistemlerini eski sürücüleri ile çalıştıran kullanıcılar, klonlama sonrası SSD sürücüleri üzerinde oluşturulan kurtarma bölümünü silerek SSD sürücüleri üzerinde alan kazanabilirler.
Kullanılan yazılımın özelliklerine bağlı olarak, eğer uygulama sürücü bölümlerini yeniden boyutlandıramaz ise, klonlama sonrası SSD sürücü üzerinde “unallocated space” adı verilen biçimlendirilmemiş alanlar da oluşabilir. Kullanıcılar Windows işletim sistemleri ya da farklı uygulamalar kullanarak bu alanlar üzerinde bölümler oluşturabilir ya da diğer sürücü bölümleri ile birleştirerek kullanabilirler.
Bu tür sorunlar ile karşılaşılmaması için SSD sürücü üzerine sadece sistem ve tüm diğer programları işletim sistemi bölümü (C) klonlanabilir ya da SSD sürücü üzerine sıfırdan bir işletim sistemi kurularak veriler eski sürücülerden kopyalanabilir.